L'interno del Santuario rappresenta un unicum nel panorama degli arredi sacri grazie ad una originalissima impalcata lignea che ospita decine di statue di cera, ex voto rinascimentali, che narrano storie private e pubbliche degli offerenti. Accanto ad essa sepolture illustri quali la tomba del celebre letterato Baldassarre Castiglioni, progettata da Giulio Romano e dell'ultima principessa di Casa Gonzaga, Maria.

Sul sagrato del santuario si teneva la più antica fiera commerciale mantovana che rivive ancora oggi, e che ha delle produzioni artistiche dei Madonnari il suo momento più alto.